En terme de nautique, l'origine du mot pavillon, comme celui de pavois, est la couverture extérieur des bastingages des navires de guerre. Les navires militaires étaient recouverts de bandes de tissus de couleur les jours de sollenité, ils pavoisaient. Après l'adoption des pavillons alphabétiques et numériques, ils furent adoptés pour cette ornementation. Aujourd'hui, par extension, pour les jours fêtes, on hisse tous les pavillons disponibles attachés les uns aux autres dans un ordre précis : c'est le grand pavois.

un système de communication, par différents pavillons, a été mis en place dans la marine :
le code international des signaux maritimes (l'OTAN utilise d'autres pavillons pour communiquer)
Les pavillons sont utilisés de plusieurs manières :

• Chaque pavillon représente une lettre ou un chiffre d'un message
• Chaque pavillon a une signification propre
• Un ou plusieurs pavillons peuvent former un mot codé, décodé à l'aide d'un document commun au deux bateaux (S.H.34 pour la France)
• Lors de régates, les pavillons ont d'autres significations qu'en navigation ou au port.