Des hommes, chasseurs-cueilleurs, du Paléolithique supérieur, le Magdalénien entre 16'000 et 12'500 av. J.-C. environ, ont établi des campements sur les rives du Léman. Aux environs de 12'500 av. J.-C., Epipaléolithique, les conditions climatiques s’adoucissent et la végétation se modifie. Les premiers arbres, bouleau et pin, apparaissent. Ces espèces sont progressivement remplacées par des forêts de feuillus dominées par les noisetiers, chênes et ormes. C’est dans ce milieu de forêt plus dense qu’évoluent les populations de chasseurs du Mésolithique, 10'000-5'500 av. J.-C. Les premiers bateaux à naviguer sur le Léman sont, sans doute, les canots monoxyles des populations palafittes apparues au Néolithique qui s'étend de 5'500 à 2'200 av. J.-C., où les conditions deviennent à peu près comparables au climat actuel. Le bronze, l'âge du Bronze se situe entre 2'200 et 800 av. J.-C., va supplanter l’outillage en pierre et même si il permet le développement d'une civilisation originale dans les vallées alpines, le mode de vie ne diffère que très peu de celui du Néolithique. A l’âge du Fer, 800-0 av. J.-C., des Ubères, Sédunes, Véragres, Nantuates, Helvètes et Allobroges, tous des peuples celtiques, se côtoient en Valais et autour du Léman. L'arrivée de Jules César et ses légions à Genève, 58 av. J.-C., va marquer la fin de la préhistoire lémanique.